肥城高新区始建于1992年，是1995年经省政府批准设立的省级高新技术产业开发区。2003年5月份，高新区中心西移与王瓜店镇实行“区镇合一”，合署办公。2005年12月，高新区首批通过国家发改委审核验收。2010年7月，王瓜店镇撤镇改为街道办事处。2011年3月，市委、市政府着眼于高新区更高层次发展，将“区街合一”调整为“划定区域、独立设置”。

目前，高新区下辖10个行政村，建设面积24平方公里，拥有市级管理权限，建立了一级财政体制，实行“封闭式管理，开放式运行”。内设办公室 、招商局、经济发展局、财政局、建设局和社会事务管理局等6个正科级职能部门。